2. 大理州人民医院 病理科,云南 大理 671000;
3. 云南大学 生命科学学院,昆明 530061
2. Department of Pathology, Dali Bai Autonous Prefecture People's Hospital, Dali 671000, Yunnan, China;
3. College of Life Sciences, Yunnan University, Kunming 530061, China
胃癌是源自胃黏膜上皮的恶性肿瘤,占消化道恶性肿瘤的首位[1]。中国是胃癌高发国家,每年约有17万人死于胃癌,是一种严重威胁人类身体健康和生命的疾病[2]。其发生、发展机制颇为复杂,涉及一系列的遗传学改变[3]。从分子水平研究胃癌发生、发展的机制有利于开发新的治疗手段,对减轻病人的痛苦和延长生命尤为重要。
人线粒体转录终止因子1(human mitochondrial transcription termination factor 1, hMTERF1)基因是人类MTERF超基因家族中最早被发现的第1个成员[4]。目前,已确定hMTERF1基因位于7q21.2,基因全长7 845 bp,其含有4个外显子和3个内含子[5]。hMTERF1蛋白由399个氨基酸残基构成,具有3个亮氨酸拉链结构和2个独立的DNA结合区[6]。该蛋白与线粒体DNA(mitochondrial DNA, mtDNA)上编码16S rRNA基因与tRNALEU(UUR)基因分界处的一段28 bp的序列特异结合,从而终止mtDNA重链的转录[7]。有研究发现,与hMTERF1蛋白结合的线粒体tRNALEU(UUR)基因A3243G位点的碱基突变,将引起老年性糖尿病、线粒体脑肌病伴高乳酸血症和卒中样发作综合症、进行性眼外肌麻痹等线粒体疾病。mtDNA靶序列A3243G点突变引起hMTERF1与DNA亲合力下降,但并不改变线粒体转录产物的比例,但线粒体蛋白质合成能力和细胞的呼吸活性下降将导致线粒体疾病[8]。但目前为止,关于hMTERF1基因与胃癌的关系尚未见相关报道。本文基于BioGPS数据库、Oncomine数据库以及Kaplan-Meier Plotter数据库的数据挖掘分析hMTERF1基因在胃癌中的表达及意义,为阐明hMTERF1基因在胃癌发生发展中的作用奠定基础。
1 材料与方法 1.1 Bio GPS数据库分析hMTERF1在正常组织中的表达利用BioGPS数据库[9](http://biogps.org/)分析hMTERF1基因(204871_at)在人体正常组织中的表达。
1.2 Oncomine数据库提取数据Oncomine数据库[10]是一个基于基因芯片的数据库和整合数据挖掘平台,在此数据库中可根据自己的需要设定筛选条件。本文设定的筛选条件为:1)“Gene: MTERF1”;2)“Analysis Type: Cancer vs. Normal Analysis”;3)“Cancer Type: Gastric Cancer”;4)“Date Type: mRNA and DNA copy number”;5)“Sample Type: Clinical Specimen”;6)临界值设定条件(P value < 0.000 1, fold change 2, gene rank=top 10%)。
1.3 Kaplan-Meier Plotter进行患者生存周期分析利用Kaplan-Meier Plotter数据库[11](http://kmplot.com/analysis/)的胃癌数据集进行在线生存分析。筛选条件如下:1)“Cancer: Gastric Cancer”; 2)“Gene: MTERF1”; 3)“Survival: OS”; 4)“Lauren classification: all/intestinal/diffuse/mixed”。
1.4 hMTERF1在不同分期胃癌患者中的预后作用设置截尾数据为OS,然后探针选择为JetSet,所需的有效Affymetrix ID: 204871_at (MTERF1),在Stage选项下面分别选择1、2、3、4期,Lauren classification选项下面分别选择all/intestinal/diffuse/mixed,在线分析hMTERF1在不同临床分期的胃癌患者中的预后作用。
1.5 统计学分析胃癌组织与正常胃组织中hMTERF1基因表达差异采用t检验。hMTERF1基因表达与患者预后的关系采用Kaplan-Meier模型进行生存分析,两组间生存率的比较采用Log-Rank检验,检验水准α=0.05。
2 结果分析 2.1 hMTERF1蛋白在正常组织中的表达BioGPS数据库显示,hMTERF1蛋白在人体各个正常组织中均有表达,其中在心肌组织、子宫体和骨骼肌组织中含量较高,如图 1所示。由此可知,hMTERF1蛋白在机体新陈代谢旺盛的组织中呈现高表达,所以hMTERF1是一种典型的线粒体蛋白质。
Oncomine数据库中共收集了946个不同类型的基因芯片研究结果,其中关于hMTERF1表达有统计学差异的研究结果共152个,hMTERF1表达增高的研究有59个,hMTERF1表达降低的研究有93个(如图 2所示)。在人类消化道系统常见的恶性肿瘤中,食管癌中高表达的研究有2个,低表达的研究有2个;胃癌中高表达的研究有4个,低表达的研究有5个;肝癌中高表达的研究有2个;结直肠癌中高表达的研究有2个,低表达的研究有8个。
Oncomine数据库中检索发现,从2003年至今,共有20项研究涉及hMTERF1在胃癌组织和正常胃组织中的表达,共计798个样本(如图 3所示)。相关的文献分别发表在Mol Biol Cell[12]、Clin Cancer Research[13]、Nucleic Acids Research[14]、Gut[15]、Med Oncol[16]期刊。详细分析20项研究结果发现,与正常胃组织相比,hMTERF1在胃癌组织中呈现高表达,中位数值为4 728.5,P=0.003,表明其高表达具有显著性差异。
对Oncomine数据库的数据挖掘显示,相比正常胃组织,hMTERF1基因在弥漫型胃癌组织、肠型胃癌组织和混合型胃癌组织中均呈高表达,且差异具有统计学意义(P<0.050),如图 4所示。
为进一步明确hMTERF1表达水平与胃癌患者预后之间的关系,本文在Oncomine数据库中提取hMTERF1基因表达水平与胃癌患者预后相关的数据,通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析发现:与hMTERF1高表达组相比,hMTERF1低表达组胃癌患者的累积生存时间增高(HR=1.19, P=0.045),说明hMTERF1表达是胃癌患者预后的风险因素。在肠型胃癌患者中,hMTERF1高表达胃癌患者的生存时间增高(HR=0.69, P=0.028),说明hMTERF1表达是肠型胃癌患者预后的保护因素。在弥漫型胃癌患者中,hMTERF1低表达胃癌患者的生存时间增高(HR=1.48, P=0.024),说明hMTERF1表达是弥漫型胃癌患者预后的风险因素。在混合型胃癌患者中,hMTERF1高表达患者与低表达患者生存时间的差异无统计学意义(HR=0.57, P=0.310),如图 5所示。
在所有不同类型的胃癌中,早期胃癌患者(2期)hMTERF1表达水平越高,患者预后越差(HR>1),说明hMTERF1表达对胃癌患者的总体生存率(OS)为风险因素。在肠型胃癌中,早期、中期和晚期hMTERF1表达水平越高,患者预后越好(HR<1),说明hMTERF1表达对不同分期的肠型胃癌患者均为保护因素。在弥漫型胃癌中,胃癌患者(2期+3期)hMTERF1表达水平越高,患者预后越差(HR>1)。在混合型胃癌中,由于数据库中的样本量有限,未能获得相关数据,见表 1。
胃癌是常见的消化道恶性肿瘤,是严重危害人类健康和生命的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率较高,以中老年居多[17-18]。在中国,胃癌的死亡率位居所有恶性肿瘤的第3位[19]。胃癌的发生是一个复杂的过程,是多基因、多因素及其相互作用的结果[20]。近年来国内外学者对mtDNA与恶性肿瘤发生发展之间的关联提出一些假说,已有的研究资料显示肿瘤的发生不仅取决于核内遗传物质,而且与核外的mtDNA有一定的联系。mtDNA是环境致癌物作用的重要靶标,其损伤程度和突变率显著高于核内DNA。
MTERF1蛋白是线粒体转录终止因子(MTERF)蛋白家族的第1个成员,也是最早被发现的MTERF蛋白[21]。MTERF1蛋白广泛存在于后生动物与植物中。蛋白质相互作用分析表明,MTERF1蛋白与线粒体转录起始因子A(mitochondrial transcription factor A, TFAM)、线粒体RNA聚合酶(mitochondrial RNA polymerase, PLORMT)和线粒体转录延伸因子(mitochondrial transcription elongation factor, TEFM)等蛋白存在相互作用,共同参与线粒体基因复制、转录、氧化磷酸化活性和细胞周期等的调控[22]。Haväinen等[23-24]发现,在人胚肾293T细胞内过表达MTERF1,将导致mtDNA复制的终止和mtDNA拷贝数的下降,而且MTERF1蛋白在协调mtDNA的复制和转录过程中发挥重要的作用。Chen等[25]对人类宫颈癌HeLa细胞株的体外研究发现,hMTERF1蛋白可调控肿瘤细胞的线粒体基因表达和氧化磷酸化水平,从而促进肿瘤细胞的增殖,这为探讨hMTERF1在肿瘤细胞的发生发展提供了新的视角。目前,hMTERF1在胃癌中的表达及其预后意义还未见相关报道。
BioGPS数据库是一个在线的基因注释数据库,包含了公共资源的信息以及诺华研究部门所产生的数据。基于BioGPS数据库挖掘的结果显示,hMTERF1蛋白在人体正常组织中均有表达,尤其在心肌组织、子宫体和骨骼肌组织等新陈代谢旺盛的组织中表达较高,是一个典型的线粒体蛋白质。Oncomine数据库是目前世界上最大的基因芯片数据库和整合数据挖掘平台,其中的所有数据都来自基因芯片,研究方法一致。本文利用该数据平台避免了因为样本量的问题导致的误差,增加了结论的可信度[26]。本文分析结果显示,相较于正常胃组织,hMTERF1在不同类型的胃癌组织中均表达增高,且差异具有统计学意义(P<0.050)。
1965年Lauren根据胃癌的组织结构和生物学行为,将胃癌分为肠型和弥漫型。肠型胃癌起源于肠化生黏膜,一般具有明显的腺管结构,瘤细胞呈柱状或立方形,可见刷状缘,瘤细胞分泌酸性黏液物质,类似于肠癌的结构;常伴有萎缩性胃炎和肠化生,多见于老年男性,病程较长,发病率较高,预后较好。弥漫型胃癌起源于胃固有黏膜,癌细胞分化较差,呈弥漫性生长,缺乏细胞连接,一般不形成腺管,许多低分化腺癌和印戒细胞癌属于此型;多见于年轻女性,易出现淋巴结转移和远处转移,预后较差。Lauren分型简明有效,常在病理研究中应用。但有10%~20%的病例兼有肠型和弥漫型的特征,难以归入其中任何一种,从而称为混合型。关于hMTERF1蛋白表达水平对胃癌患者预后的影响,目前为止一直缺乏强有力的证据和实验研究。本文通过数据挖掘发现hMTERF1在不同Lauren分型的胃癌患者中的预后有所差异。与hMTERF1高表达组相比,hMTERF1低表达组胃癌患者的累积生存时间增高,差异有统计学意义(P<0.050),说明hMTERF1表达是胃癌发生的风险因素(HR=1.19)。在肠型胃癌患者中,hMTERF1高表达胃癌患者的生存时间增高,差异有统计学意义(P<0.050),说明hMTERF1表达是肠型胃癌的保护因素(HR=0.69)。而在弥漫型胃癌患者中,hMTERF1低表达胃癌患者的生存时间增高,差异有统计学意义(P<0.050),说明hMTERF1表达是肠型胃癌的风险因素(HR=1.48)。在混合型胃癌患者中,hMTERF1高表达患者与低表达患者生存时间的差异无统计学意义(P>0.050),既不是预后的保护因素也不是风险因素。目前,hMTERF1在胃癌发生发展中具体的作用及其分子机制仍不清楚。上述结果表明,hMTERF1在不同类型的胃癌组织中可能具有不同的病理作用,其表达水平与不同类型胃癌患者的预后关系存在差异,亟待进一步通过免疫组织化学和Western blot技术在蛋白质表达水平上分析验证hMTERF1在不同类型胃癌组织中的表达水平。hMTERF1蛋白将有望成为判别不同类型胃癌的一个潜在的生物标记物。
综上所述,本文通过对BioGPS数据库、Oncomine基因芯片数据库和Kaplan-Meier Plotter数据库中肿瘤相关基因信息的深入挖掘,提出hMTERF1在胃癌组织中高表达,且与胃癌的预后相关。通过对数据库进行大样本量的数据挖掘和分析,可以避免单一研究样本量过小导致的误差,为胃癌的临床治疗提供重要的线索和思路。
4 结论1) 利用BioGPS数据库分析hMTERF1在正常组织中的表达,发现hMTERF1在人体正常组织中均有表达,其中在心肌组织、子宫体和骨骼肌组织中含量较高。
2) 利用Oncomine数据库对hMTERF1基因在胃癌中的表达进行汇总分析,发现与正常胃组织相比,hMTERF1在胃癌组织中呈现高表达,且差异具有统计学意义(P=0.003)。
3) 利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析hMTERF1表达对不同Lauren分型胃癌患者生存时间的影响,结果显示,与hMTERF1高表达组相比,hMTERF1低表达组胃癌患者的累积生存时间增高(P=0.045)。在肠型胃癌患者中,hMTERF1高表达胃癌患者的生存时间增高(P=0.028)。而在弥漫型胃癌患者中,hMTERF1低表达胃癌患者的生存时间增高(P=0.024)。在混合型胃癌患者中,hMTERF1高表达患者与低表达患者生存时间的差异无统计学意义(P=0.310)。
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