1 生物信息学

二十世纪九十年代诞生的国际互联网(Internet)，为信息时代的到来奠定了基础，也催生了生物信息学这一交叉学科。DNA双螺旋结构模型的提出、遗传密码的破译，以及蛋白质三维空间结构的测定，开创了从分子水平上探索生命规律的新时代。DNA测序技术的成熟和产业化，为人类基因组计划的实施提供了技术储备。

就在生命科学研究高速发展的同时，计算机科学技术也取得了突飞猛进的发展。计算机在生命科学领域中的应用，可追溯到二十世纪八十年代。《核酸研究》(Nucleic Acids Research, NAR)半月刊于1982、1984和1986年第1期出版专辑，刊登分子生物学数据库以及核酸和蛋白质序列分析文章。1985年，《计算机在生物学中应用》(Computer Application to Biosciences, CABIOS)创刊，标志着计算机在生命科学领域中的应用日趋成熟。而生物信息学作为一个学科，则诞生于二十世纪九十年代。1988年，美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)创建时，英文“生物信息学”(Bioinformatics)这一术语尚未广泛使用。生物医学文献摘要数据库PubMed检索结果表明，“Bioinformatics”在文献杂志中广泛使用，始于二十世纪九十年代初。1994年，欧洲生物信息学研究所(European Institute of Bioinformatics, EBI)成立时，生物信息学作为一门新兴学科，已悄然而生。1998年，CABIOS正式改名为《生物信息学》(Bioinformatics)，并成为当前生物信息学权威杂志之一。

实际上，生物信息学和计算生物学这两个学科很难严格区分，英语“Bioinformatics”和“Computational Biology”这两个术语也经常混用。PubMed医学主题词(Medical Subject Headings, MeSH)数据库(https://www.nlm.nih.gov/mesh/)就把Bioinformatics与Computational Biology列在同一个条目中。国际计算生物学学会(International Society for Computational Biology, ISCB)官方网站(https://www.iscb.org/)则称ISCB为“计算生物学和生物信息学一级专业学会”(Leading Professional Society for Computational Biology and Bioinformatics)。十分有趣的是，ISCB的官方期刊有两个，一个就是Bioinformatics，另一个则是Public Library of Sciences (PLOS) Computational Biology。

作为一门新兴学科，要给生物信息学下一个严格的定义，似乎并不容易。若以目前较为流行的组学数据为研究对象，则可以大体描述如下。以核酸、蛋白质等生物大分子数据为主要研究对象，以基因组、转录组、蛋白组、代谢组等组学数据和文献资料为主要研究基础，以计算机为主要研究工具，以计算机网络为主要研究环境，构建各种类型的数据库，开发新一代生物信息软件，对浩如烟海的原始数据进行存储、管理、注释、加工和提取生物信息，用于药物设计、疾病诊治、品种改良和环境治理等领域。同时，利用数理统计、模式识别、神经网络、遗传算法、支持向量机和隐马氏模型等各种理论和方法，结合分子生物学、遗传学和基因组学等生命科学各领域研究成果，对大量生物信息进行查询、搜索、比较、分析，从中获取基因和基因组复制、转录、翻译、修饰和调控等理性知识，探索生命起源、生物进化及细胞、器官、个体和群体的发生、发育、发展等生命科学中重大问题，搞清它们的基本规律和时空联系。

2 生物信息学软件

不言而喻，生物信息学软件在生物信息学领域中具有无可替代的特殊地位。首先，生物信息软件的研究开发本身就是生物信息学领域的重要组成部分；而所开发和集成的各种软件工具、应用程序和分析平台，为核酸和蛋白质序列和结构以及高通量组学数据的分析提供了必不可少的手段。

生物信息软件开发包括许多方面，核酸和蛋白质序列分析软件的开发起步较早。1977年，英国剑桥医学研究委员会(Medical Research Council, MRC)分子生物学实验室(Laboratory of Molecular Biology, LMB)Rodger Staden在NAR上发表题为“利用计算机处理序列数据”(Sequence data handling by computer)的文章，开创了生物信息软件开发和集成的先河^[1]。文章介绍了他编写的核酸和蛋白质序列分析程序，包括序列存储、编辑、转换，限制性内切酶搜索、密码子使用频率统计、序列相似性比较等。程序采用人机交互运行模式，在内存仅为28 kb的PDP11/45小型计算机上可处理长达6 000 bp的DNA序列。以后20多年，他一直致力于生物信息软件编写，完成了分子生物学领域第一个免费软件包Staden的开发。序列装配是该软件包的主要模块之一，在早期基因组测序和装配中起了重要作用。2004年Staden退休，该软件包由他年轻的同事James Bonfield继续维护(http://staden.sourceforge.net/)。

1997年，笔者在英国伦敦癌症研究基金会(Imperial Cancer Research Fund, ICRF)从事合作研究期间，有幸参观了MRC实验室，拜访了Staden博士。2002年，James Bonfield博士应邀在北京大学举办的生物信息培训班上介绍了Staden软件包。值得一提的是，英国剑桥MRC实验室是国际知名分子生物学研究机构，弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)、弗朗西斯·克里克(Francis Crick)、詹姆斯·沃特森(James Watson)、马克斯·佩鲁茨(Max Peruts)、约翰·肯德鲁(John Kendrew)、悉尼·布伦纳(Sydney Brenner)和约翰·萨尔斯顿(John Sulston)等十多位著名诺贝尔奖获得者曾在MRC工作。约翰·萨尔斯顿是人类基因组计划英国团队的主要负责人，2002年获诺贝尔生理奖，笔者有幸参加了在英国基因组园区举办的庆祝会(见图 1)。

微型计算机(简称微型机，Microcomputer)的普及，使计算机在分子生物学中的应用得到了长足的进步。基于微型机的序列分析软件于八十年代中期开始使用，后来发展成DNAStar、PCGene、MacVector等商业软件。1986年，美国亚利桑那大学分子生物学教授David Mount应邀为北京大学生物系(1993年改名为生命科学学院)举办为期一个月的生物技术和基因工程讲习班，带来了他编写的程序DNA Management (DM)，作为DNA和蛋白质序列分析工具。DM基于微型机编写，当时北京大学生物系仅有一台处理器为Intel 8086的微型机，配有512 K内存、10 M硬盘和两个软盘驱动器，外带12英寸单色显示器。程序DM成功安装在这台微型机上。Mount教授还带来了一盒软盘，每张软盘容量为360 kb，存放了核酸序列数据库GenBank和蛋白质序列数据库(Protein Information Resource, PIR)。

程序DM采用交互式会话菜单，使用相当方便，除用文本方式输出分析结果外，还可绘制简单的图形，如环形质粒DNA限制性内切酶位点等。军事医学科学院基础医学研究所吴加金研究员全程参加了该讲习班。随后的几年，他领导的团队编写了基于微型机的序列分析软件“金钥匙”(Goldkey)，填补了国内生物信息领域软件开发的空白^[2]。Mount教授编著的“Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis”2001年由美国冷泉港出版社(Cold Spring Harbor Laboratory Press)出版，2002年由科学出版社购买版权并以影印本形式出版。复旦大学钟杨主译的中译本于2003年由高等教育出版社出版。2004年，本书第2版出版；2006年，同济大学曹志伟将第1章翻译成中文，由科学出版社出版了本书第2版的中文导读版。

九十年代以来，微型计算机很快普及到科研究机构、大专院校、乃至千家万户。基于微型机的生物信息软件不断涌现。除DNAStar、MacVector等一些商业软件外，不少由学术单位编写的软件可免费下载和使用，如序列编辑、显示和分析软件BioEdit、多序列比对软件ClustalW、系统树构建软件MEGA等。与此同时，基于UNIX的开源操作系统Linux日趋成熟，而基于Linux系统的软件逐步成为生物信息领域的主流软件，例如数据库搜索软件BLAST和FASTA，基因组序列装配软件PHRED/PHRAP、基因结构预测软件GenScan和GeneID等，其中最为著名的是欧洲分子生物学开放软件包(European Molecular Biology Open Software Suite, EMBOSS)。

3 EMBOSS软件包

EMBOSS软件包的诞生有一个鲜为人知的故事。二十世纪八十年代，美国Wisconsin大学遗传计算研究组(Genetics Computing Group)开发了分子生物学软件包GCG ^[3]。该软件包起初基于多用户小型机系统Vax/VMS开发，在一台服务器上安装后，多个用户可同时使用，后来移植到Unix平台。GCG整合了许多常用序列分析工具，功能相当齐全，美国和欧洲不少科研机构和高等院校均购买并安装了该商业软件，供本单位研究人员使用。经过多年开发和商业化运行，上世纪八十年代至九十年代中期，GCG软件包成为欧美各国最为流行的基于Unix服务器的多用户序列分析软件。由于GCG软件包实际上是许多已发表算法的实现或现有程序的整合，发行初期，其源代码对外公开。欧洲生物信息学网络组织(European Molecular Biology Network, EMBnet)等许多学术机构和个人在此基础上进行了二次开发，增加了许多新程序，形成了名为EGCG的软件包。EGCG最初的含义为欧洲(European)GCG，后来，因为参加开发的人员不再限于欧洲国家，该软件包的名字也就改为扩充的(Extended)GCG。

九十年代末，由于人员变更和商业模式的改变，GCG软件包不再公开源代码，EGCG开发不得不终止。为此，EGCG的主要开发者Peter Rice和Alan Bleasby等决定另起炉灶，抛开GCG而自行开发另一套分子生物学软件包，即EMBOSS软件包。这一计划得到了EMBnet成员的大力支持和积极参与。基于前期EGCG软件包现有基础，EMBOSS项目很快取得了实质性进展。1999年4月，Peter Rice在北京大学举办的讲习班上演示了EMBOSS的第一个程序seqret。

之后不久，基于Needleman-Wunsch动态规划算法的全局比对程序needle，基于Smith-Waterman算法的局部比对程序water，以及点阵图可视化序列比对程序dottup和dotmatcher等程序也很快完成。基于GenBank/EMBL等核酸序列数据库、PIR和Swiss-Prot等蛋白质序列数据库的格式转换和序列特征信息提取等一系列程序为用户提供了极大方便，而字串统计、密码子分析、酶切位点鉴定、重复序列识别和CpG岛预测等核酸序列分析程序，以及组分统计、跨膜螺旋识别和二级结构预测等蛋白质序列分析程序，则是EMBOSS软件包最具特色的核酸和蛋白质序列分析程序。本世纪初，Peter Rice领导的EMBOSS研发团队受聘于欧洲生物信息学研究所，完成了该软件包的主要开发和集成，编写了系统的帮助文档^[4]。2009年，Peter Rice领导的EMBOSS团队得到英国生物技术和生物科学研究委员会(Biotechnology and Biological Science Research Council, BBSRC)资助，继续进行EMBOSS软件包的开发(见图 2)。

除了EMBOSS开发团队自行编写的程序外，EMBOSS还整合了不少其它常用生物信息软件包，如基于隐马尔可夫模型的蛋白质结构域序列谱构建和结构域识别软件包HEMMER、系统发育分析软件包Phylip及RNA二级结构分析和预测软件包VIENNA等。2016年发布的EMBOSS 6.6.0版包括300多个程序，十多个类别，是生物信息领域内容最为丰富、功能最为齐全的序列分析软件包，同时包括JEMBOSS、PISE、wEMBOSS、mEMBOSS等多个Web接口程序，均可免费下载安装(见图 3)。

4 EMBnet

显而易见，EMBOSS软件包的诞生，得益于欧洲分子生物学网络组织EMBnet。EMBnet成立于1988年(https://www.embnet.org/wp/about/history/)，主要发起单位为德国欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory, EMBL)，英国Daresbury国家实验室，以及法国、荷兰和瑞典等几个西欧发达国家从事计算机在分子生物学中应用的学术机构和高等院校。EMBL位于德国海德堡，是欧洲重要分子生物学实验室，由欧盟各国政府提供经费支持。1989年五月，当时的14个欧盟成员国都加入了EMBnet。

1991年，EMBnet获欧盟生物技术研究领域创新、开发和增长(Biotechnology Research for Innovation, Development and Growth in Europe, BRIDGE)框架计划资助，进入了快速发展时期。九十年代中期，EMBnet成员单位达到28个，包括英国、德国、瑞士等西欧国家，波兰、斯洛伐克和匈牙利等东欧国家，以及以色列和土耳其等。在教育部和学校领导的大力支持下，北京大学蛋白质工程和植物基因工程(现更名为蛋白质和植物基因研究)重点实验室于1996年加入EMBnet，同年加入的还有澳大利亚国家基因组信息服务中心(Australian National Genomic Information Service, ANGIS)和俄罗斯莫斯科州立大学。此后，南非、加拿大、印度、古巴等世界各大洲许多国家也纷纷加入EMBnet。1998年EMBnet成立十周年时，已经发展到37个成员单位(见图 4)。

4.1 国家节点

EMBnet成员单位称节点(Node)，按成员单位的性质分为国家节点(National Node)和专业节点(Specialist Node)两类。根据EMBnet章程，每个国家只能有一个国家节点，由政府部门推荐本国从事计算生物学的学术机构或高等院校，并向EMBnet提出申请，在EMBnet年会上由全体成员无记名投票，得票超过三分之二者通过，成为新的成员。每个成员单位指派一名代表，称节点负责人(Node Manager)。

由于人力资源、经费来源、硬件设施、网络环境和所在单位支持程度的差别，不同国家节点的情况各不相同。其中影响和贡献较大的有英国、荷兰、瑞士、瑞典和意大利等几个国家节点。英国的国家节点为Daresbury国家实验室的SeqNet项目组，负责人为Alan Bleasby，也是EGCG和EMBOSS项目的主要开发者之一。荷兰的国家节点为内梅根大学(University of Nijmegen)，负责人为Jack Leunissen。由于EMBnet注册在荷兰，荷兰节点也承担财务管理等日常事务(见表 1)。

此外，EMBnet也不定期聘请一些兼职教员，为各成员单位举办各种类型的培训班、讲习班。如英国剑桥大学的David Judge，英国爱丁堡大学的Frank Wright等。

4.2 专业节点

EMBnet规定，每个国家除一个国家节点外，可以设立一个或多个专业节点(Specialist Node)。截止1998年，EMBNet专业节点共有9个(见表 2)。和国家节点一样，专业节点也指派一名节点负责人。专业节点中影响较大的有欧洲生物信息学研究所EBI(https://www.ebi.ac.uk/)和桑格研究所(Sanger Institute, https://www.sanger.ac.uk/)。EBI是欧洲分子生物学实验室EMBL设在英国的分部，建于剑桥南部小镇辛克斯顿基因组高新园区内，与桑格研究所毗邻。英国人类基因组图谱项目资源中心(Human Genome Mapping Project Resource Center)也设在该园区内。

EBI基于EMBL原有几个计算生物学和生物信息学研究组扩充而成，是欧洲最大的生物信息学研究、开发和服务机构。1981年，由EMBL创建的核酸序列数据库(EMBL Data Library，简称EMBL)正式发布^[5]。蛋白质结构分析、预测和设计是EMBL另一个重要学研究方向，知名学者Chris Sander任研究组负责人。上世纪八十年代至九十年代，系统分析了当时蛋白质结构数据库(Protein Data Bank, PDB)已经测定的结构，构建了一系列蛋白质结构相关数据库。

桑格研究所建于1992年，主要经费由英国生物医学慈善机构惠康信托基金会(Wellcome Trust, https://wellcome.ac.uk/)提供，是英国最大的基因组测序中心，承担了人类基因组计划30%测序任务。1999圣诞节前夕，桑格研究所宣布完成22号染色体测序，这也是人类基因组计划最先完成测序装配的第一条染色体。桑格研究所和EBI同在辛克斯顿的基因组园区内，为数据共享和项目合作提供了极大便利，著名基因组数据库和分析系统ENSEMBL(http://www.ensembl.org/)就是两个单位合作的结果。

4.3 运行机制

EMBnet设有执行委员会(Executive Board)，委员会由四名成员组成，除主席和秘书外，还设有一名成员负责财务。EMBnet日常事务由执委会主席通过邮件组与节点负责人商定。执委会由全体成员在年会上无记名投票选举产生，执委会分工由四名成员商定。除执委会外，另设公共事务(Publicity and Public Relation)、教育培训(Education and Training)和技术管理(Technical Management)三个委员会，每个委员会也各由四位成员组成。无论是国家节点或专业节点负责人，均可竞选执委会和其它三个委员会委员。

EMBnet每年举行一次年会，年会时间地点由节点负责人提出申请，经全体成员讨论通过后确定，通常是在各成员单位所在国家和城市轮流举行。不论是国家节点还是专业节点，每个成员单位每年缴纳1 000欧元会费，主要用于举办年会的交通食宿等费用。通常，举办年会的同时，也举行生物信息学学术讨论会或专题培训班。

4.4 软件开发

EMBnet的宗旨，是把分散在各国的计算生物学领域人力物力组织在一起，为本国和其它国家提供数据库和软件等生物信息资源服务。值得一提的是，EGCG及其后续的EMBOSS项目，就是EMBNet各成员单位之间合作的典范。EMBnet的另一个合作项目，就是基于文本的数据库信息检索系统SRS^[6]。SRS的英文原文是Sequence Retrieval System，直译为序列提取系统，主要开发者为EMBL的Thure Etzold。SRS免费提供所有学术单位，最初用于检索EMBL和GenBank等核酸序列数据库、PIR和Swiss-Prot等蛋白质序列数据库等以文本形式保存的序列和注释信息。通过对数据库条目中的关键词建立索引，以浏览器界面提供简单检索和高级检索功能。用户可通过蛋白名、基因名、物种名等基本信息，以及序列条目中的大量注释信息，快速高效地对某个或几个数据库进行检索。SRS后来扩充到PubMed文献摘要数据库、Pfam, PRINTS和Prosite等蛋白质结构域和功能位点数据库，PDB, DSSP, HSSP和FSSP等蛋白质结构和分类数据库。有的SRS服务器上安装的数据库多达几十个乃至上百个。EBI成立后，Etzold带领的SRS开发团队从德国海德堡搬到英国辛克斯顿，继续进行开发。九十年代末，许多EMBnet节点都安装了SRS系统^[7]。鉴于许多生物技术和药物开发公司对SRS系统的需求，上世纪末，SRS开发团队成立了软件开发公司，SRS也成了商业软件，最新版的SRS 8.0不再免费提供学术单位，包括EBI在内的大部分SRS服务器不得不终止服务。

4.5 教育培训

EMBnet的另外一个重要任务，是举办各种类型的讲习班、培训班，除了培训数据库和软件开发等生物信息领域专业人员外，也为从事分子生物学实验的最终用户进行培训。例如上面提到的开源软件Staden和商业软件GCG，以及数据库检索系统SRS等。1997-1999年，笔者以学生身份，先后参加了Alan Bleasby在英国Daresbury国家实验室举办的网络资源讲习班、David Judge在剑桥大学举办的序列分析培训班、James Bonfiled在剑桥MRC-Lab举办的Staden软件包安装使用培训班，以及Thure Etzold在EBI举办的SRS系统管理员培训班，为笔者日后举办多次生物信息培训班和开设“实用生物信息技术”课程积累了经验^[8]。

4.6 网络刊物

自1994年起，EMBnet不定期出版EMBnet新闻(EMBnet.news)网络刊物，并于2010年更名为EMBnet杂志(EMBnet.journal, https://journal.embnet.org/)，报道各节点硬件和网络建设、数据库和软件开发、教育和培训等进展，介绍网络生物信息资源和生物信息软件使用经验。该网络刊物提供的生物信息数据库和软件使用快速指南(https://www.embnet.org/wp/quick-guides/)，至今依然是生物信息初学者的简明手册(见表 3)。

2012年，EMBNet加入了国际生物信息学教育和培训组织(Global Organization for Bioinformatics Learning, Education and Training, GOBLET)^[9]。作为该组织的主要成员之一，EMBnet为国际生物信息学的教育培训发挥了重要作用(https://www.mygoblet.org/)。本世纪初，英国伦敦大学专业节点负责人Terresa Attwood受聘英国曼彻斯特大学，继续进行生物信息数据库和软件开发。她为GOBLET编写了生物信息学详尽指南(https://www.embnet.org/wp/critical-guides/)，详细介绍蛋白质序列数据库UniProt和neXtProt、蛋白质结构数据库PDB，以及生物信息领域中最常用的序列相似性数据库搜索系统BLAST(见表 4)。

2000年2月，由EMBnet主办的期刊生物信息学简报(Briefings in Bioinformatics, BiB)正式出版，主编为资深生物信息学家Martin Bishop，包括笔者在内的许多EMBnet节点负责人应聘为编委会成员(https://academic.oup.com/bib)。2017年，中国科学院北京基因组研究所章张应邀担任亚洲地区副主编。该杂志主要刊登生物信息软件和数据库等综述，介绍生物信息领域最新进展，是生物信息学领域极具影响力的重要杂志。

5 EMBnet中国节点

EMBnet成员单位的首要任务是为本国分子生物领域提供基本的生物信息资源服务。1996年10月，北京大学蛋白质工程和植物基因工程重点实验室加入EMBnet后，该重点实验室主任兼国家863生物领域蛋白质工程专家组组长顾孝诚教授积极推动与北大计算中心和北大图书馆学术文献中心合作，建立了北京大学生物信息中心(Center for Bioinformatics, CBI)，开始通过计算机网络，为国内用户提供数据库资源和软件工具等服务。1997年9月，EMBnet年会在意大利巴利(Bari)召开，作为EMBnet中国节点负责人，笔者第一次参加这次年会，结识了英国节点负责人Alan Bleasby、荷兰节点负责人Jack Leunissen、SRS主要开发者Thure Etzold等多名欧洲生物信息学领域早期研究开发人员。

获EMBnet资助，1998年4月在北大举办首次生物信息讲习班，来自全国各地的近百名学员参加了培训，Alan Bleasby、Jack Leunissen和ThureEtzold等五位EMBnet节点负责人和兼职教师应邀担任培训班教师。1998年10月，EMBnet十周年纪念会在英国辛克斯顿EBI召开，应会议主持人Peter Rice邀请，笔者在会上播放了讲习班实况录像，给与会者留下了深刻印象。获国际遗传工程和生物技术中心(ICGEB)资助，1999年4月在北大举办第2期生物信息讲习班班，10位EMBnet节点负责人和兼职教员为培训班学员做报告或讲课。年过六旬的著名理论物理学家郝柏林院士以学生身份全程参加了该讲习班，并于讲习班后不久撰写了“建议尽快组建国家级的生物医学信息中心”的院士建议，和夫人张淑誉老师一起编写了国内第一本生物信息学书籍《生物信息学手册》。

2000年9月，获国家自然科学基金委员会资助，以国家863生物领域首席专家强伯勤院士为团长的中国生物信息学代表团参加了在瑞士洛桑举行的EMBnet年会，访问了瑞士生物信息研究所(Swiss Institute of Bioinformatics, SIB)、Swiss-Prot数据库、罗氏公司和苏黎世联邦理工学院。瑞士在生物信息学领域中有着特殊地位，蛋白质序列数据库Swiss-Prot于1986年诞生于瑞士日内瓦。SIB构建的蛋白质分析专家系统(Expert of Protein Analysis System, ExPASy)则是重要生物信息资源网站，收集了几百个生物信息数据库和软件工具网址。鉴于网络带宽限制，欧洲以外其它国家访问该网站受到一定影响。为此，ExPASy在拉美、澳大利亚等地设有镜像。这次访问的直接结果，就是与瑞士生物信息研究所商定，ExPASy亚洲镜像就设在北大生物信息中心，为国内用户提供了极大方便。

二十多年来，作为EMBnet国家节点，北大生物信息中心得到国家教育和科研计算机网(CERNET)的大力支持，在生物信息资源建设、人才培训和基础教学，以及数据库和软件开发等方面做了一些工作^[10]。

值得高兴的是，中国科学院北京基因组研究所大数据中心(BIGD, https://bigd.big.ac.cn/)于2016年成立，并于2019年成为国家基因组科学数据中心，而基因组所于同年加挂“国家生物信息中心”牌子。EMBnet国家节点的任务，正在由该所年轻的生物信息学团队承担^[11]。

6 结语

作为一门交叉学科，生物信息学的诞生还不到三十年。最近十多年来，随着新一代基因组测序技术的诞生，高通量组学数据快速积累，ENSEMBL等各种类型的基因组数据库纷纷上网，Bowtie和BWA等各种组学数据分析软件也不断涌现。作为以传统的单个基因或基因家族、单个蛋白或蛋白家族为主要分析对象的EMBOSS软件包，尽管它在组学数据分析中无能为力，但由组学数据分析得到的靶标基因或蛋白的深入分析依然离不开该软件包中的大量工具。目前，EMBOSS软件包开发项目已经结束，该项目主要负责人Peter Rice受聘于AXIOMEDIX公司，担任客户部主任(https://axiomedix.com/about/team/)。作为EMBOSS软件包的主要开发者，Peter Rice仍然负责维护该软件包。作为开源软件，EMBOSS的维护开发需要生物信息领域中的同行共同努力。

本世纪初，鉴于EBI和NCBI等国际生物信息中心提供的生物信息资源越来越多，部分欧洲国家不再在人力物力上继续支持EMBnet国家节点，德国、瑞士、英国、比利时等国家节点先后退出EMBnet。最近几年，根据欧洲和世界各国的实际情况，EMBnet组织模式作了调整，有条件的成员单位可继续以国家节点方式保留会员资格，同时也吸收生物信息学研究团体和个人为为团体或个人会员。希望国内生物信息领域有志者积极参与，为国际国内生物信息学特别是生物信息资源服务和教育培训做出应有的贡献。

致谢 感谢鲍一明、朱伟民、章张等人对本文的修改意见。2021年10月，中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)成为EMBnet中国节点，鲍一明博士担任节点负责人。