目前，基因转录爆发现象的普遍性已得到公认。随之而来的问题是，转录爆发现象背后的分子调控机制和信号转导机制是什么？2006年，在诺贝尔化学奖的获奖演说中，Kornberg归纳了真核生物转录机器的基本架构 。转录机器的基本架构包括通用转录因子（General transcription factor）、RNA聚合酶II、媒介子（Mediator）和激活子（Activator）等。其中，通用转录因子包括TFIIA、TFIIB、TFIID、TFIIE、TFIIF和TFIIH 。激活子携带来自细胞信号转导通路的信号，激活子与增强子相互结合并以某种方式编码了上游信号。媒介子与结合在增强子上的激活子相互结合，并将激活子带来的上游信号向后传递；最后，媒介子与RNA聚合酶II相互作用，转录机器开始起始转录（见图4）。而其中的编码方式则是学术界研究的转录爆发的信号转导机制。目前学术界出现了多种信号转导机制的猜想与假设，如转录的频率调制、转录爆发的尺度调制、以及这些调制的组合调制。这些调控机制会在下文进行详细介绍。