| 基于Cygwin实现生物信息学软件从Unix/Linux向Windows移植 |
| |
| 引用本文： | 张成岗.基于Cygwin实现生物信息学软件从Unix/Linux向Windows移植[J].生物信息学,2003,1(1):25-28. |
| |
| 作者姓名： | 张成岗 |
| |
| 作者单位： | 军事医学科学院放射医学研究所,北京,100850 |
| |
| 基金项目： | 国家重点基础研究发展计划(973计划)(2003CB715900)，国家高技术研究发展计划(863计划)(2002AA234021,2002AA832031)，国家海外青年学者合作研究基金(30128010)，国家自然科学基金(30393130)，国家自然科学基金(90208017)，国家自然科学基金(30300358,3020015 ) |
| |
| 摘 要： | Cygwin可在Windows环境下提供对Unix/Linux环境的模拟与支持,具有较为完善的Unix/Linux工具包和编程环境。利用Cygwin对常用的生物信息学数据分析软件如Sim4、FASTA、Phred/Phrap/RepeatMasker、EMBOSS、HMMER和ClustalW等进行重新编译,发现通过该方式能够获得可在Windows环境下运行的可执行代码,为利用Windows环境优势的同时进行跨平台生物信息学数据分析平台的开发提供重要参考价值。
|
| 关 键 词： | Cygwin Unix/Linux Windows 生物信息学 程序移植 |
| 文章编号： | 1672-5565(2003)-01-0025-04 |
| 修稿时间： | 2003年8月15日 |
Migrating bioinformatic software from Unix/Linux to Windows based on Cygwin |
| |
| ZHANG Cheng-gang.Migrating bioinformatic software from Unix/Linux to Windows based on Cygwin[J].China Journal of Bioinformation,2003,1(1):25-28. |
| |
| Authors: | ZHANG Cheng-gang |
| |
| Abstract: | Cygwin is a Unix/Limn - like environment for Windows and consists of two parts: (1}. a DLL(cygwinl. dll)which acts as a Linux emulation layer providing substantial Linux API functionality and(2). A collection of tools, which provides Linux look and feel. We tried to use the Cygwin environment tore- compile some general bioinformatic programs including Sim4,FASTA,Phred/Phrap/Repeat Masker, EMBOSS,HMMER and ClustalW in the Windows 9X/ME/NT/XP/2003 platform. Results demonstrated that the binary executable code could be easily made after successfully compiling in the Cygwin environment.Therefore,the Cygwin environment under Windows operating system could be one of best choices for transplanting hioinfonnatic programs from Unix/Linux to Windows. |
| |
| Keywords: | Cygwin Unix/Linux Windows bioinformatics program transplanting |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
