| 序列比对程序Blat在转录组数据分析中的应用 |
| |
| 引用本文： | 杭兴宜,赵东升,张成岗.序列比对程序Blat在转录组数据分析中的应用[J].生物信息学,2005,3(2):85-88. |
| |
| 作者姓名： | 杭兴宜 赵东升 张成岗 |
| |
| 作者单位： | 1. 军事医学科学院放射医学研究所,北京,100850
2. 军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所,北京,100850 |
| |
| 基金项目： | 国家重点基础研究发展计划(973计划)(2003CB715900)，国家高技术研究发展专项经费(2002AA234021)，国家海外青年学者合作研究基金(30128010)，国家自然科学重大研究计划(90208017)，国家并行与分布处理国防重点实验室基金(51484050304JB4401) |
| |
| 摘 要： | 随着功能基因组学研究领域的快速发展，人们已经开始系统地研究全基因组的转录以及全部基因发挥功能的动态机制。为实现此目标，需要从海量的转录组数据中提炼出能够揭示基因功能以及表达调控的重要信息。采用高性能的序列比对程序以满足规模化的比对需求是其中的瓶颈环节。通过综合比较目前流行的各种序列比对软件的性能，并针对不同的转录组数据分析任务对Blat进行详细的应用分析，结果发现，Blat能够解决转录组数据分析过程中的序列比对这一瓶颈，可广泛应用于功能基因组相关的数据分析任务。
|
| 关 键 词： | 序列比对 数据分析 转录 程序 功能基因组学 研究领域 动态机制 全基因组 表达调控 基因功能 综合比较 应用分析 分析过程 规模化 性能 |
| 文章编号： | 1672-5565(2005)-02-0085-04 |
| 修稿时间： | 2004年5月22日 |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
