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| 基于基因表达谱的疾病亚型特征基因挖掘方法 | |
| 引用本文： | 徐连彬,王亚东,李霞,杨得印.基于基因表达谱的疾病亚型特征基因挖掘方法[J].生物信息学,2005,3(2):69-72. |
| 作者姓名： | 徐连彬 王亚东 李霞 杨得印 |
| 作者单位： | 1. 哈尔滨工业大学计算机学院,哈尔滨,150001 2. 哈尔滨工业大学计算机学院,哈尔滨,150001;哈尔滨医科大学生物信息学系,哈尔滨,150086 3. 哈尔滨医科大学生物信息学系,哈尔滨,150086 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金(39970397,30170515,30370798)，国家863计划(2002AA222052)，黑龙江科技攻关(GB03C602-4)，黑龙江自然科学基金(F0177)，211工程“十五”建设项目。 |
| 摘 要： | 在本研究中,提出了一种基于基因表达谱的疾病亚型特征基因挖掘方法,该方法基于过滤后基因表达谱,融合无监督聚类识别疾病亚型技术和提出的衡量特征基因对疾病亚型鉴别能力的模式质量测度,以嵌入的方式实现特征基因挖掘。最后将提出的方法应用于40例结肠癌组织与22例正常结肠组织中2000个基因的表达谱实验数据,结果显示:提出的方法是一种可行的疾病亚型特征基因挖掘方法,方法的优势在于可并行实现疾病亚型划分和特征基因识别。 |
| 关 键 词： | 基因表达谱 无监督聚类 特征基因挖掘 |
| 文章编号： | 1672-5565(2005)-02-0069-04 |
| 修稿时间： | 2005年3月2日 |
A gene mining method on disease subclass by gene expression |
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| XU Lian-bin,WANG Ya-dong,LI Xia,YANG De-yin.A gene mining method on disease subclass by gene expression[J].China Journal of Bioinformation,2005,3(2):69-72. | |
| Authors: | XU Lian-bin WANG Ya-dong LI Xia YANG De-yin |
| Affiliation: | XU Lian-bin1,WANG Ya-dong 1*,LI Xia 1,2*,YANG De-yin2 |
| Abstract: | In this research, we present a method to mine the feature genes based on disease subclass of gene expression data. This method implements feature gene mining based on filtered gene, with unsupervised clustering for disease subclass and pattern quality which measured the feature gene's ability to identify the corresponding disease subclass. At last, this method is applied on an experimental gene expression data, which consist of 40 colon tissues and 20 normal tissues. Result indicates that this method is a feasible feature gene mining technique. The advantage lies in implementing both classing disease and identifying feature gene simultaneity. |
| Keywords: | gene expression unsupervised clustering mining of feature gene |
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