期刊检索

  • 2024年第22卷
  • 2023年第21卷
  • 2022年第20卷
  • 2021年第19卷
  • 2020年第18卷
  • 2019年第17卷
  • 2018年第16卷
  • 2017年第15卷
  • 2016年第14卷
  • 2015年第13卷
  • 2014年第12卷
  • 2013年第11卷
  • 第1期
  • 第2期

主管单位 工业和信息化部 主办单位 哈尔滨工业大学 主编 任南琪 国际刊号ISSN 1672-5565 国内刊号CN 23-1513/Q

期刊网站二维码
微信公众号二维码
引用本文:王心宇,许颖出,刘洪波,王芳,张岩,苏建忠.高通量DNA甲基化数据的处理和分析方法[J].生物信息学,2014,12(1):72-76.
WANG Xinyu,XU Yingchu,LIU Hongbo,WANG Fang,ZHANG Yan,SU Jianzhong.Methods of bioinformatics analysis for high-throughput sequencing of DNA methylation[J].Chinese Journal of Bioinformatics,2014,12(1):72-76.
【打印本页】   【HTML】   【下载PDF全文】   查看/发表评论  下载PDF阅读器  关闭
←前一篇|后一篇→ 过刊浏览    高级检索
本文已被:浏览 4621次   下载 9046 本文二维码信息
码上扫一扫!
分享到: 微信 更多
高通量DNA甲基化数据的处理和分析方法
王心宇,许颖出,刘洪波,王芳,张岩,苏建忠
( 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院,黑龙江 哈尔滨 150080 )
摘要:
DNA甲基化作为一种表观遗传学修饰,在调控基因表达、X染色体失活、印记基因等方面都发挥着重要的作用。不同的DNA甲基化的预处理方法结合二代测序产生了大量的高通量甲基化数据,这些数据的存储、处理和分析是当前亟需解决的问题。在本文中,总结了目前存在的三种高通量DNA甲基化检测技术(限制性内切酶法,亲和纯化法,重亚硫酸盐转换法),以及针对这些技术产生的高通量数据开发的存储、处理和分析工具。另外,还注重介绍了单碱基水平的DNA甲基化检测技术,BS-Seq的测序原理、数据处理流程以及后续的分析工具。
关键词:  DNA甲基化  高通量  二代测序  BS-Seq
DOI:10.3969/j.issn.1672-5565.2014-01.20140112
分类号:N37
基金项目:黑龙江省大学生创新创业训练计划(201210226018),国家自然基金青年项目(61203262)。
Methods of bioinformatics analysis for high-throughput sequencing of DNA methylation
WANG Xinyu,XU Yingchu,LIU Hongbo,WANG Fang,ZHANG Yan,SU Jianzhong
(College of Bioinformatics Science and Technology, Harbin Medical University, Harbin 150086,China)
Abstract:
DNA methylation is an important epigenetic modification and plays crucial roles in regulating gene expression, X chromosome activation and imprinting genes. Several pretreatment approaches of DNA methylation combined with next-generation sequencing have generated enormous high-throughput data. How to store, process and analyze large volume of raw data produced are in an urgent requirement. Here, we summarized three high-throughput sequencing technologies of DNA methylation and the relative bioinformatics tools. Furthermore, we highlight the principles and the methods of data processing of the combination of bisulfite treatment of DNA and high-throughput sequencing data (BS-seq).
Key words:  DNA methylation  High-throughput  NGS  BS-Seq

友情链接LINKS

关闭