期刊检索

  • 2024年第22卷
  • 2023年第21卷
  • 2022年第20卷
  • 2021年第19卷
  • 2020年第18卷
  • 2019年第17卷
  • 2018年第16卷
  • 2017年第15卷
  • 2016年第14卷
  • 2015年第13卷
  • 2014年第12卷
  • 2013年第11卷
  • 第1期
  • 第2期

主管单位 工业和信息化部 主办单位 哈尔滨工业大学 主编 任南琪 国际刊号ISSN 1672-5565 国内刊号CN 23-1513/Q

期刊网站二维码
微信公众号二维码
引用本文:刘哲言,屈武斌,张成岗.用于寡核苷酸二级结构预测的热力学数据库研究进展[J].生物信息学,2014,12(3):196-205.
LIU Zheyan,QU Wubin,ZHANG Chenggang.Research progress of the thermodynamic database for oligonucleotide secondary structure prediction[J].Chinese Journal of Bioinformatics,2014,12(3):196-205.
【打印本页】   【HTML】   【下载PDF全文】   查看/发表评论  下载PDF阅读器  关闭
←前一篇|后一篇→ 过刊浏览    高级检索
本文已被:浏览 2604次   下载 1229 本文二维码信息
码上扫一扫!
分享到: 微信 更多
用于寡核苷酸二级结构预测的热力学数据库研究进展
刘哲言,屈武斌,张成岗
( 军事医学科学院放射与辐射医学研究所,蛋白质组学国家重点实验室, 全军军事认知与心理卫生研究中心,北京 100850 )
摘要:
基于核酸分子杂交的生物技术(如PCR)在病原微生物检测、临床诊断等诸多领域中应用广泛,此类技术的可靠性在于寡核苷酸分子与其靶点结合的高稳定性与特异性,而精确预测寡核苷酸与靶分子结合的二级结构是分析其稳定性与特异性的关键。其中,基于热力学的最近邻模型是寡核苷酸二级结构预测最为可靠的计算方法,但其精确性强烈依赖于精确的热力学参数。由于寡核苷酸分子二级结构的复杂性,除了完美匹配外,还需要错配、内环、膨胀环、末端摇摆、CNG重复、GU摆动等特殊结构的热力学数据。本文综述了近年来用于寡核苷酸二级结构预测的有效热力学数据库及相关计算方法,并指出当前热力学数据库的局限及未来发展方向。
关键词:  寡核苷酸二级结构  热力学数据库  热力学计算
DOI:10.3969/j.issn.1672-5565.2014.03.08
分类号:Q522
基金项目:国家自然科学基金课题(2,7, 1,0, 31371345);国家重点基础研究发展计划(973计划)课题(2012CB518200);蛋白质组学国家重点实验室自主研究课题(SKLP-O201104, SKLP-K201004, SKLP-O201002) 资助。
Research progress of the thermodynamic database for oligonucleotide secondary structure prediction
LIU Zheyan, QU Wubin, ZHANG Chenggang
(Beijing Institute of Radiation Medicine, State Key Laboratory of Proteomics, Cognitive and Mental Health Research Center, Beijing 100850, China)
Abstract:
The nucleotide hybridization based molecular biological technologies like PCR have been widely used in many fields, such as pathogenic microorganism detection, clinical diagnosis. And the accurate prediction of secondary structures between oligonucleotide and its binding sites is the key to these technologies. The Nearest-Neighbor Model based on thermodynamics is the most accurate method to predict oligonucleotide secondary structure, and the precision mainly depends on the thermodynamic parameters. Meanwhile, the diversity of secondary structure requires different thermodynamic parameters for different motifs, including perfect matches, mismatches, internal loops, bulge loops, dangling ends, CNG repeats, and GU wobble base pairs. Therefore, this review summarized the current parameter sets available for oligonucleotide secondary structure prediction. We also pointed out the limitations and future development directions of the thermodynamic database.
Key words:  Oligonucleotide secondary structure  Thermodynamic database  Thermodynamic calculation

友情链接LINKS

关闭